

Após dias no mar, com enjoos constantes, Beagle chegava finalmente às ilhas Canárias. Mas a alegria não iria durar muito tempo: as autoridades espanholas enviou uma mensagem dizendo que nenhum barco britânico poderia entrar em terra. Era notícia que existia uma epidemia de cólera em Inglaterra, pelo que as autoridades espanholas não queriam que houvesse qualquer possibilidade de contágio.
Fizeram sua primeira paragem na ilha vulcânica de Santiago, no Arquipélago do Cabo Verde, onde o Diário de Darwin começa.
“Aqui foi onde em vi pela primeira vez a glória da vegetação tropical. Tâmaras, bananas e palmeiras floresciam no meu caminho. Eu voltei para o navio, pisando rochas vulcânicas, vendo novos insectos pousando em novas flores. Tem sido para mim um dia glorioso, como quando se dá visão a uma homem cego”
Charles Darwin
A visão da escravidão foi considerada ofensiva por Darwin.
O navio foi descendo a costa até Rio de Janeiro. Darwin, agora assumindo quase como oficial naturalista do barco e ganhando um apelido de Philos, fazia colecções pessoais de espécimes, que mandava para Henslow, em Cambridge, ao invés de fazer colecções para a expedição.
Em Novembro, na cidade de Montevideu a correspondência que chegava de Inglaterra incluía uma cópia do segundo volume dos Princípios da Geologia de Lyell.
Darwin ficou perplexo com o estado selvagem dos nativos, em grande contraste com o comportamento civilizado dos três fueguianos que estavam regressando como missionários (que haviam recebido os nomes cristãos York Minster, Fuegia Basket e Jemmy Button).
(Quatro décadas depois, na sua obra intitulada “Descendência do Homem”, Darwin usaria as suas impressões desse período como evidência de que o homem tinha evoluído de um estado mais primitivo)
Regressaram ao local para visitar os missionários, mas encontraram as cabanas desertas. Perceberam que um dos selvagens nativos era Jemmy, que havia perdido os seus pertences e se havia reintegrado aos costumes nativos, tendo já uma esposa. Darwin observou então esta situação com atenção: um dos nativos, embora se tenha facilmente adaptado ao mundo civilizado, escolheu o retorno aos seus costumes primitivos. Tal ideia não se ajustava muito bem com a visão perpetuada em Cambridge, onde o Homem civilizado era concebido como a melhor criação de Deus, inexoravelmente superior aos animais.
Em Valparaíso, a 23 de Julho de 1834, Darwin comprou cavalos e foi até aos Andes vulcânicos, mas durante o regresso, adoeceu, e passou um mês de cama.
Chegaram as Ilhas Galápagos em 15 de Setembro de 1835.
Foi dito a Darwin que as tartarugas apresentavam pequenas diferenças de ilha para ilha, mas aparentemente isso não fora óbvio nas ilhas que Darwin tinha visitado até então, pelo que nem se preocupou em recolher as suas carapaças. As iguanas marinhas eram tremendamente feias, e devido a um erro na colocação das etiquetas no museu, ele achou que essas criaturas únicas eram uma espécies Sul Americana.
Darwin notou que os pássaros canoros eram diferentes de ilha em ilha e etiquetou algumas espécimes, mas não se preocupou em anotar onde outras espécies, como os tentilhões, haviam sido encontradas. Felizmente, outros colegas realizaram um processo mais metódico enquanto etiquetavam as suas colecções. Saíram da ilha em 20 de Outubro.
Investigaram as lagoas de coral, e os levantamentos de FitzRoy revelaram um perfil consistente com a teoria dos Atóis que Darwin havia desenvolvido.
O Beagle partiu para casa em 17 de Agosto, e após uma viagem conturbada, incluindo uma parada para reabastecimento de suprimentos nos Açores, onde permanece entre 20 e 24 de Setembro e visita as ilhas Terceira e S. Miguel. O Beagle finalmente chegou a Falmouth, Cornwall, Inglaterra em 2 de Outubro de 1836.